อุโบสถและศิลปกรรม
อุโบสถหินอ่อนจตุรมุข บานประตูหน้าต่างสมุกรักฝังมุก พื้นหินหยก และจิตรกรรมฝาผนัง
วัดจุฬามณีสันนิษฐานว่าสร้างขึ้นระหว่าง พ.ศ. ๒๑๗๒–๒๑๙๐ กุฏิและอุโบสถในครั้งนั้นล้วนสร้างด้วยไม้สักและไม้เนื้อแข็ง แต่กาลเวลาที่ล่วงเลยย่อมทำให้เสื่อมโทรมผุพังไปตามสภาพ เจ้าอาวาสหลายรูปจึงรับภาระบูรณะซ่อมแซมวัดอันมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์แห่งนี้ให้คงความมั่นคงงดงามสืบมา จนถึงยุคของหลวงพ่อเนื่องและหลวงพ่ออิฏฐ์ที่ได้สร้างพระอุโบสถหลังใหม่อันเป็นที่เลื่องลือในปัจจุบัน
อุโบสถหินอ่อนจตุรมุข
เมื่อวันที่ ๒๓ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๑๐ พระครูโกวิทสมุทรคุณ (หลวงพ่อเนื่อง โกวิโท) ได้ประชุมคณะกรรมการวัดและศิษยานุศิษย์ เพื่อหารือสร้างพระอุโบสถหลังใหม่แทนหลังเก่าที่ทรุดโทรม ที่ประชุมเห็นชอบ และได้ขอให้หลวงพ่อเนื่อง ซึ่งเป็นเกจิอาจารย์ที่มีลูกศิษย์เคารพนับถือทั่วประเทศ จัดสร้างวัตถุมงคลเหรียญ "หลวงพ่อเนื่อง" รุ่นที่ลูกศิษย์เรียกขานกันว่ารุ่นแซยิด น.บน และ นะ สังฆาฏิ มอบแก่ผู้ร่วมสมทบทุน งานทุกอย่างดำเนินไปด้วยดี จนมีพิธีวางศิลาฤกษ์เมื่อวันที่ ๑๕ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๑ โดยอาราธนาสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปริณายก (จวน อุฏฐายี) เสด็จมาทรงประกอบพิธี
หลวงพ่อเนื่องได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดจุฬามณีจนเป็นศาสนสถานอันร่มรื่น พระอุโบสถหลังใหม่เป็นทรงจตุรมุขหินอ่อน ๓ ชั้น สูง ๑๐ เมตร มีมูลค่าก่อสร้างนับสิบล้านบาท จนมีลูกศิษย์และผู้มีจิตศรัทธาร่วมบริจาคสมทบเกินงบประมาณ ทั้งนี้ ขนาดวิสุงคามสีมาของอุโบสถที่ได้รับพระราชทานมานั้น มีความกว้าง ๔๐ เมตร ความยาว ๘๐ เมตร หลวงพ่อเนื่องได้เฝ้าติดตามดูแลการก่อสร้างด้วยความประณีตพิถีพิถันอยู่นานถึง ๒๐ ปีเศษ
บานประตูและหน้าต่างสมุกรักฝังมุก
หลังหลวงพ่อเนื่องละสังขาร หลวงพ่ออิฏฐ์ได้สานต่องานสร้างอุโบสถที่ยังค้างอยู่จนสำเร็จ ทั้งปูพื้นอุโบสถชั้นบนสุดด้วยหินหยกจากกรุงการาจี ประเทศปากีสถาน และสร้างบานหน้าต่างด้านทิศเหนือที่ค้างอยู่อีก ๖ บาน แต่ละบานกว้าง ๔๐ เซนติเมตร หนา ๑๐ เซนติเมตร สูง ๓.๑ เมตร ด้านในแกะสลักเป็นลายไทยและเรื่องราวในนิทานชาดก ส่วนด้านนอกเป็นงานสมุกรักฝังมุกอันวิจิตร เป็นภาพตราพระราชลัญจกรประจำรัชกาล ตราแผ่นดิน และตราเครื่องราชอิสริยาภรณ์ ได้แก่
ตราพระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ ๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช
รัชกาลที่ ๒ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย
รัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาลที่ ๕ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มหาราช
รัชกาลที่ ๖ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาลที่ ๗ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาลที่ ๘ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล
รัชกาลที่ ๙ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช
พระนามาภิไธย สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ (สก.)
สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี (สว.)
สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร (มวก.)
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา เจ้าฟ้ามหาจักรีสิรินธร สยามบรมราชกุมารี (สธ.)
สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี (จภ.)
ตราเครื่องราชอิสริยาภรณ์ มหาจักรีบรมราชวงศ์ (ม.จ.ก.) ๒๔๘๔
นพรัตนราชวราภรณ์ (น.ร.) ๒๔๘๔
ปฐมจุลจอมเกล้าวิเศษ (ป.จ.ว.) ๒๔๖๑
มหาปรมาภรณ์ช้างเผือก (ม.ป.ช.) ๒๔๕๒
มหาวชิรมงกุฎ (ม.ว.ม.) ๒๔๑๖
ประถมาภรณ์ช้างเผือก (ป.ช.) ๒๔๑๒
ประถมาภรณ์มงกุฎไทย (ป.ม.) ๒๔๓๖
ภาพสมุกรักฝังมุกทุกภาพเป็นวงกลม เส้นผ่าศูนย์กลาง ๒๐ เซนติเมตร อยู่ในกรอบสี่เหลี่ยมของบานหน้าต่าง บานละ ๗ ภาพ โดยภาพบานซ้ายและบานขวาของแต่ละช่องจะเหมือนกัน เมื่อรวมกับภาพที่บานหน้าต่างและทวารประตูอุโบสถทั้งสี่ทิศแล้ว อุโบสถวัดจุฬามณียังมีภาพตราแผ่นดิน ตราเครื่องราชอิสริยาภรณ์ เรื่องราวพระพุทธประวัติ และนิทานชาดกต่างๆ ให้ประชาชนได้ศึกษากว่า ๒๐๐ ภาพ ซึ่งบัดนี้แล้วเสร็จและมีผู้สนใจมาขอเข้าชมเป็นจำนวนมาก
จิตรกรรมฝาผนัง "ศิลปะรัตโนธยา"
ท่านพระครูโสภิตวิริยาภรณ์ (พระอาจารย์อิฏฐ์) ได้กำหนดจัดสร้างจิตรกรรมฝาผนังในพระอุโบสถหินอ่อนจตุรมุข ๓ ชั้นแห่งนี้ โดยประตูและหน้าต่างด้านในแกะสลักเป็นลายไทย ส่วนด้านนอกเป็นงานสมุกรักฝังมุก ประดับอัลลอยด์ลายดอกไม้เถาทุกประตูและหน้าต่าง และมีรูปเทพประจำทิศเป็นอัลลอยด์ที่หน้าต่างด้านนอก
หลวงพ่ออิฏฐ์เล่าถึงมูลเหตุจูงใจว่า ตลอดเวลาที่เข้าไปทำกิจของสงฆ์ในอุโบสถ เช่น ทำวัตรสวดมนต์ ทุกครั้งที่มองไปรอบฝาผนังและเพดานก็เห็นแต่ช่องว่างเปล่า น่าเสียดายพื้นที่เหล่านั้น จึงคิดสร้างจิตรกรรมฝาผนังและเพดานขึ้น เพื่อเตือนใจและจูงใจให้ศาสนิกชนใฝ่ใจในธรรมะยิ่งขึ้น ทั้งยังเป็นประโยชน์แก่ผู้สนใจศึกษาศิลปกรรม และเป็นการอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมของชาติไว้ให้ชนรุ่นหลัง ท่านจึงว่าจ้างช่างเขียนภาพในศิลปะแบบอยุธยาผสมผสานกับแบบรัตนโกสินทร์ ซึ่งท่านเรียกภาพจิตรกรรมแนวนี้ว่า "ศิลปะแบบรัตโนธยา" และได้เริ่มลงมือเขียนภาพบนฝาผนังและเพดานพระอุโบสถสืบมา